예외도 있다. 우선 항공권을 변경해야 하는 승객은 카운터에서 직원의 확인이 필요하기 때문에 수수료를 내지 않아도 된다. 제주도민이나 복지카드 소지자처럼 신분 확인을 거쳐야 하는 승객도 마찬가지다. 반려동물을 동반하거나 휠체어 이용을 신청한 승객, 임산부나 비상구 좌석을 이용하려는 승객처럼 별도의 확인 절차가 필요한 경우에도 카운터 발권은 무료다.

공항에서 현장 구매를 하는 경우는 이미 별도의 발권 수수료를 내야 하므로, 추가로 발권 수수료가 붙지 않는다. 또 앞 좌석이나 비상구 좌석을 새로 구매하려는 승객, 만 2세 미만의 유아를 동반한 승객도 예외에 해당한다.

아울러 셀프체크인(KIOSK)이나 온라인 체크인을 이미 마친 승객은 수수료 대상이 아니다. 다만 이 경우에도 짐을 부쳐야 한다면, 발급받은 탑승권을 들고 카운터를 방문해 수하물 위탁 절차를 밟으면 된다.

이스타항공 관계자는 "국내선의 경우 모바일과 키오스크 이용률이 높다. 카운터는 주로 수하물을 맡기는 공간인데, 줄이 길어져 혼잡이 발생하는 경우가 많다"며 "체크인은 비대면 채널을 활용하고, 카운터는 꼭 필요한 승객들이 빠르게 수속할 수 있도록 하기 위한 목적"이라고 설명했다.

카운터에서 티켓을 발급받을 때 수수료를 부과하는 경우는 제주항공이나 진에어 등 다른 LCC들이 이미 시행하던 제도다. 항공업계 관계자는 "대형 항공사들은 전용 카운터와 넓은 체크인 공간을 확보하고 있어 승객이 몰려도 상대적으로 혼잡이 덜하다"며 "반면 저비용항공사(LCC)는 공간이 제한적인 경우가 많아 조금만 승객이 늘어나도 대기줄이 길어지고 혼잡도가 높아진다. 이런 점에서 카운터 발권을 줄이고 키오스크·모바일 체크인을 유도하는 것이 효율적일 수 있다"고 말했다.

다만 일각에서는 코로나19 이후 유가·환율 부담과 인건비 상승 등으로 악화된 LCC들의 수익 구조가 영향을 미쳤다는 분석도 나온다. 업계에서는 "발권 수수료 자체로 큰 이익을 기대하기는 어렵지만, 운영 효율 개선과 부대 서비스 수익 다변화를 통한 비용 절감 효과는 기대할 수 있다"고 전했다. 

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